28 พฤศจิกายน 2558

Published 11/28/2558 by with 0 comment

Biopython เครื่องมือด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ในภาษาไพทอน

บทความนี้ผมขอแนะนำ Biopython ซึ่งเป็นเครื่องมือในภาษาไพทอนตัวหนึ่งที่ใช้งานในการวิจัยด้านชีววิทยาเชิงคำนวณครับ

Biopython เป็นเครื่องมือในภาษาไพทอนสำหรับงานวิจัยทางด้านชีววิทยาเชิงคำนวณ (computational biology) หรือ ชีวสารสนเทศศาสตร์ (bioinformatics) โดยสามรถอ่านและเขียนรูปแบบข้อมูล biological และมีบางฟังก์ชันในการคำนวณ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในโครงสร้าง 3 มิติ
รองรับทั้ง Python 2 และ Python 3
อ่าน License ของ Biopython ได้ที่ http://biopython.org/DIST/LICENSE

สามารถใช้คำสั่ง pip ติดตั้งได้จากคำสั่ง
pip install biopython

ตัวอย่างการใช้งาน Biopython

[python]
from Bio.Seq import Seq

# สร้าง sequence ใหม่และเก็บค่าไว้ในตัวแปร "my_seq"
my_seq = Seq("ACGTTGCA")
print(my_seq)

print("The alphabet for this sequence is: ")
print(my_seq.alphabet)


print("The complement of thie sequence is: ")
print(my_seq.complement())

print("The reverse complement of this sequence is: ")
print(my_seq.reverse_complement()) # Reverse complement
from Bio.SeqUtils import GC
print(GC(my_seq)) # คำนวณ GC-content

from Bio.SeqUtils import molecular_weight
print(molecular_weight(my_seq)) # Caculating molecular weight (DNA only)
[/python]

อ่านเอกสารการใช้งาน Biopython ได้ที่

ติดตามบทความต่อไปนะครับ
ขอบคุณครับ

0 ความคิดเห็น:

แสดงความคิดเห็น

แสดงความคิดเห็นได้ครับ :)