Biopython เป็นเครื่องมือในภาษาไพทอนสำหรับงานวิจัยทางด้านชีววิทยาเชิงคำนวณ (computational biology) หรือ ชีวสารสนเทศศาสตร์ (bioinformatics) โดยสามรถอ่านและเขียนรูปแบบข้อมูล biological และมีบางฟังก์ชันในการคำนวณ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในโครงสร้าง 3 มิติ
รองรับทั้ง Python 2 และ Python 3
อ่าน License ของ Biopython ได้ที่ http://biopython.org/DIST/LICENSE
สามารถใช้คำสั่ง pip ติดตั้งได้จากคำสั่ง
pip install biopython
ตัวอย่างการใช้งาน Biopython
[python]
from Bio.Seq import Seq
# สร้าง sequence ใหม่และเก็บค่าไว้ในตัวแปร "my_seq"
my_seq = Seq("ACGTTGCA")
print(my_seq)
print("The alphabet for this sequence is: ")
print(my_seq.alphabet)
print("The complement of thie sequence is: ")
print(my_seq.complement())
print("The reverse complement of this sequence is: ")
print(my_seq.reverse_complement()) # Reverse complement
from Bio.SeqUtils import GC
print(GC(my_seq)) # คำนวณ GC-content
from Bio.SeqUtils import molecular_weight
print(molecular_weight(my_seq)) # Caculating molecular weight (DNA only)
[/python]
อ่านเอกสารการใช้งาน Biopython ได้ที่
- http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
- https://krother.gitbooks.io/biopython-tutorial/
- http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/
ติดตามบทความต่อไปนะครับ
ขอบคุณครับ
0 ความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น
แสดงความคิดเห็นได้ครับ :)